整座衙署由中轴线(衙署)、东轴线(祠堂)、西轴线(代理土司官邸)及大夫第,参军第,礼房,卡房等建筑组成。主体建筑由照壁,大门,牢房、兵舍、正堂(即头堂),长廊(亦称花郎),东花厅,西花厅,二堂,东厢房,西厢房、三堂,后苑(即闺房)等组成,建筑面积3100平方米.照壁长25米,高5米.照壁前为小广场,面积270平方米.照壁与大门之间为街道,有两座跨街辕门,东辕门门楣浮雕“粤西边隅”(已毁)；西辕门书“庆南要地”.

　大门左右两侧各镌一尊1．7米的石狮和一对石鼓。大门廊上立两根格木柱子，柱上悬挂一副雕刻楹联。联语云:“守斯土莅斯民，十六堡群黎谁非赤子／辟其疆治其赋，三百里区域尽隶黄封”。跨入大门即仪门，仪门平时不开，走两边过道，唯逢喜庆节日或上峰头面人物到来方开。仪门后是院落，中有一条龟背青砖路直通正堂。东面是牢房，分前后两栋。牢房有男女之分，轻重之别，内设铁镣、木枷等刑具。西面是兵舍，亦分前后两栋，内驻土兵，负责保卫衙署安全和看守犯人。
    沿院中道路上四级台阶即为一宽80平方米月台。月台上置有铁炮四门，地炮三门，为土官出巡或庆贺时鸣放。接月台即正堂，为三开间，共有l8根柱子支撑天面，两侧山墙只起挡风作用。前面宽敞明亮，是土官审案或进行政治活动的场所。堂正中置公案，案上置有惊堂木块及令牌、笔、墨砚等。案桌后是活动屏风，上悬有“明镜高悬”巨匾，左右分别置大鼓、大锣各一面，各种兵器罗列有序， “回避”、 “肃静”大牌字高耸，显得气氛森严可怖。
  转过屏风出正堂为一长廊，廓东为东花厅，西为西花厅，互相对称。东花厅是土官专为达官贵人举行宴会而造，厅内陈设高雅华贵，内有一副楹联日：“隐几看青山，坐啸行吟眼底似无一事／垂廉当白昼，鹃啼鹊噪意中恐有劳人。”西花厅是土官对犯人初审、用刑的地方，内悬有楹联道:“如得其情哀矜勿喜／期于无讼讯谳惟公。”长廊尽头即二堂，亦为三开问，左右均有屏风隔开，左间是土官处理日常事务之处，内置文房四宝；中间是议事厅，置有案桌和太师椅等；右间是师爷卧室兼书房。前窗皆镂空花窗，花鸟图案，形象逼真，栩栩如生。
    二堂之后即三堂。二堂与三堂之间为四合院，院西东各有8间厢房，为土官男孩寝室。厢房尽头是三堂，建筑结构与二堂相似，唯镂空花窗为壮锦图案，具有浓郁的民族色彩且富丽堂皇。它是土官夫妇的卧室。穿过三堂即后苑。后苑依山而起，类似别墅山庄，是土官女孩的闺房，小巧玲珑，典雅别致，环境幽美。
    东轴线建筑群是莫氏祠堂，为清乾隆年间营建，由照壁、大门、一进(正厅)、二进(寝堂)、三进(祭堂)等单体建筑组成，建筑结构、风格与衙署大同小异。寝堂前的镂空花窗为花鸟、壮锦图案，雕工更为精致而美观。
    西轴线建筑群是代理土司官邸，为清光绪年间代理土官莫传经所建，由头堂、二堂、后苑等单座建筑及三个天井构成。建筑形式与规格略逊于衙署。
    附属建筑群有大夫第、参军第、官族府第、三清阁、汉堂邸、后花园、礼房、卡房、练武场、官塘、关帝庙、城隍庙、花婆庙、伴云亭、东、西、北三个城门、土司陵园等。这些与主体建筑构成庞大的建筑群，占地面积达4万平方米。
    衙署整体建筑为砖木结构，山墙为青砖，梁柱均为珍材制作，屋架穿斗安榫接合。主体建筑硬脊飞檐，正脊中部一律浮雕“福、禄、寿”图案，翘角饰龙头鳌身和“吉祥如意”卷草，美观大方。柱基雕刻鹿、梅等动植物，朱漆梁柱，气宇轩昂。
    由于兵燹等原因，部份建筑被毁后按原样重建。也曾分别于1605年、1653年、1830年进行过3次较大的维修。新中国成立后，党和国家十分重视对莫土司衙的保护。l965年，广西壮族自治区文化局拨专款对主体建筑进行大面积维修；中共十一届三中全会后，为保护这一珍贵的历史遗产，1981年至1996年，国家文物局、自治区文物处拨专款累计达55.50万元，对其进行了维修并按原样重建了东花厅、三堂、厢房和后苑闺房，使莫土司衙署基本恢复了原貌。
    1963年2月，忻城莫土司衙署被列入区(省)级重点文物保护单位；1996年12月，被国务院正式公布为全国重点文物保护单位。1984年成立文物管理所，l987年改称忻城土司博物馆。目前馆藏文物主要有金器、玉器、骨器、青铜器、石器、蚌贝器、经书、石刻拓片、土司服饰等500多件，对研究我国土司制度、古建筑艺术及民族史等具有珍贵的科学价值。也为民族风俗的研究以及进行爱国主义教育、影视事业、旅游业的发展提供了不可多得的实物资料。